Повідомлення № 1 про реєстрацію ПН приходить по часу раніше ніж квитанція про отримання шлюзом ДФС, хоча має бути навпаки - це пов'язано з роботою Сонати чи сервер податкової так чудить?

"Час надходження" квитанції або повідомлення у Сонаті - це момент, коли вони були прийняті програмою. Не той момент, коли вони були відправлені шлюзом. Тому тут можуть бути колізії.
Ну і так, справді, шлюз може надсилати квитанції досить дивним способом, особливо, коли він завантажений.
ПС. Краще зважати на дату та час відправлення чи формування квитанції/повідомлення, які вказана усередині цієї квитанції/повідомлення. Це буде офіційний (юридично значимий) час.